Moleculair - pcr
PCR of Polymerase Chain Reaction is een snelle en betrouwbare methode om het genetisch materiaal van ziekteverwekkers (bacteriën, virussen en parasieten) op te sporen en dit reeds in een vroeg stadium van de ziekte. Het grote voordeel van PCR is dat het resultaat sneller gekend is dan een bacteriële of virale kweek. En eveneens zal een positief staal dagen sneller aangetoond kunnen worden met PCR dan met serologie, die antilichamen detecteert in het bloed.
PCR technieken die Poulpharm aanbiedt zijn:
- Conventionele PCR
- Kwalitatieve real-time PCR
- Kwantitatieve real-time PCR
- Sequencing
Poulpharm biedt naast real-time PCR technieken voor de meest voorkomende pathogenen, ook in-house ontwikkelde PCR assays aan voor relatieve kwantificatie van Eimeria spp. bij kippen en kalkoenen, en bepaling van Histomonas meleagridis in diverse matrices.
Voor de relatieve kwantificatie van de Eimeria spp. bieden we twee PCR analyses aan:
- qPCR Cox differentiatie: Met deze analyse wordt de relatieve kwantificatie van de verschillende Eimeria spp. bepaald voor kip of kalkoen. Het volledig proces van deze analyse duurt minstens een week en wordt meestal toegepast op inocula. Detectielimiet van deze qPCR is 40 oocysten per gram feces.
- Multiplex qPCR Cox differentiatie: Met deze analyse wordt eveneens de relatieve kwantificatie van de verschillende Eimeria spp. bepaald voor kip. Resultaten zijn gekend dag na ontvangst van staalname en kan rechtstreeks op fecaal materiaal uitgevoerd worden. Detectielimiet van deze qPCR is afhankelijk van de Eimeria spp. en varieert tussen 40 tot 1000 oocysten per gram feces.
Conventionele pcr
Bij conventionele PCR word het genetisch materiaal vermenigvuldigd en zichtbaar gemaakt door middel van een gel. Op basis van een toegevoegde basenpaar ladder kan de grootte van het genetisch materiaal bepaald worden. Met deze methode kunnen eveneens bacteriën gekarakteriseerd worden door middel van REP-PCR’s en kunnen wild type stammen onderscheiden worden van vaccin stammen.
Kwalitatieve real-time PCR
Bij kwalitatieve real-time PCR wordt de aanwezigheid van genetisch materiaal nagegaan van de ziekteverwekker. De resultaten van deze PCR worden weergegeven door een numerieke waarde of een treshold cycle waarde (Ct-waarde). Hoe kleiner deze waarde, hoe meer de ziekteverwekker aanwezig is.
Wanneer er tijdens de PCR inhibitie optreedt door de aanwezigheid van PCR inhibitoren, kan de aanwezigheid van de ziekteverwekker niet aangetoond worden. In dit geval wordt een tweede PCR ingezet, maar indien bij hetzelfde resultaat, wordt een nieuwe monstername aangewezen.
kwantitatieve real-time pcr
Bij kwantitatieve real-time PCR wordt net zoals bij kwalitatieve real-time PCR de aanwezigheid van genetisch materiaal nagegaan van de ziekteverwekker, maar wordt de exacte hoeveelheid bepaald door middel van het gebruik van een standaardcurve. De resultaten van deze PCR worden weergegeven door aantal kopijen per milliliter (copies/mL).
Sequencing
Bij sequencing wordt de sequentie van het genetisch materiaal van bacteriën, virussen of parasieten bepaald. Door het bepalen van sequenties kunnen wild type stammen onderscheiden worden van vaccin stammen of kunnen bepaalde mutaties in het genetisch materiaal gedetecteerd worden. Daarnaast kan door middel van sequencing fylogenetische profielen opgemaakt worden.
Conventionele pcr
Bij conventionele PCR word het genetisch materiaal vermenigvuldigd en zichtbaar gemaakt door middel van een gel. Op basis van een toegevoegde basenpaar ladder kan de grootte van het genetisch materiaal bepaald worden. Met deze methode kunnen eveneens bacteriën gekarakteriseerd worden door middel van REP-PCR’s en kunnen wild type stammen onderscheiden worden van vaccin stammen.
Kwalitatieve real-time PCR
Bij kwalitatieve real-time PCR wordt de aanwezigheid van genetisch materiaal nagegaan van de ziekteverwekker. De resultaten van deze PCR worden weergegeven door een numerieke waarde of een treshold cycle waarde (Ct-waarde). Hoe kleiner deze waarde, hoe meer de ziekteverwekker aanwezig is.
Wanneer er tijdens de PCR inhibitie optreedt door de aanwezigheid van PCR inhibitoren, kan de aanwezigheid van de ziekteverwekker niet aangetoond worden. In dit geval wordt een tweede PCR ingezet, maar indien bij hetzelfde resultaat, wordt een nieuwe monstername aangewezen.
kwantitatieve real-time pcr
Bij kwantitatieve real-time PCR wordt net zoals bij kwalitatieve real-time PCR de aanwezigheid van genetisch materiaal nagegaan van de ziekteverwekker, maar wordt de exacte hoeveelheid bepaald door middel van het gebruik van een standaardcurve. De resultaten van deze PCR worden weergegeven door aantal kopijen per milliliter (copies/mL).
Sequencing
Bij sequencing wordt de sequentie van het genetisch materiaal van bacteriën, virussen of parasieten bepaald. Door het bepalen van sequenties kunnen wild type stammen onderscheiden worden van vaccin stammen of kunnen bepaalde mutaties in het genetisch materiaal gedetecteerd worden. Daarnaast kan door middel van sequencing fylogenetische profielen opgemaakt worden.